本发明公开了一种基于集成阀岛装置的水体营养盐原位检测仪与检测方法，它包括集成阀岛、蠕动泵、加热器、光学流通池、LED灯、光电采集模块、计算机处理模块，本发明还提供了利用所述海水营养盐原位检测仪进行在线检测海水营养盐的方法，本发明所述营养盐自动检测仪基于集成阀岛装置，在阀岛装置上完成选择性进样、混合，集成度高、体积小，适合在线分析；可以在单蠕动泵驱动下完成多种营养盐的测定，能耗低，方便地应用于原位传感器；本发明通过三通阀和平行加热反应盘管，减小外界环境条件对测定结果的影响，增加反应温度、化学显色时间，从而增加反应进程，增大分析的灵敏度。