本发明涉及水电机组球阀控制装置及其控制方法。本发明解决现有技术方案存在结构复杂，控制逻辑繁杂的问题，其技术方案要点是：球阀的第一导通端通过上库闸门与上库连通，球阀的第二导通端依次通过水电机组和下库闸门与下库连通，水电机组球阀控制装置包括控制器、驱动电源、油压系统、主配压阀、开关球阀电磁阀、工作密封投退电磁阀和工作旁通投退电磁阀，球阀上还设置有用于检测球阀开度的开度测量传感器和检测球阀第一导通端与球阀第二导通端之间压力差值的差压测量传感器。本发明结构简单，控制逻辑准确与水电机组的其他设备配合良好。