本发明涉及一种温差电动调节阀门控制器及其控制方法，温差电动调节阀门包括进水口和出水口，温差电动调节阀门控制器包括处理器，与处理器连接的输出模块、输入模块和电源模块；所述处理器，用于根据所述进水口温度信号和所述出水口温度信号获得进水口温度和出水口温度，将所述进水口温度和出水口温度的温度差与所述温差设定值进行比较获得比较结果，获得的比较结果满足预设条件时后形成控制信号，并将所述控制信号发送至所述输出模块，所述预设条件为在预设时间内获得的多个所述比较结果相同；所述输出模块，用于根据所述控制信号调节阀门开度。本发明温差电动阀门控制器利用温差克服空调系统水力不平衡的问题，性能稳定、结构简单，成本低。