常熟博物馆下设办公室、宣教陈列部、考古征集部、保管部和保卫部五个部门。2005年 10月成立的“虞山派古琴艺术馆”为该馆的下属馆。

常熟博物馆现拥有上至崧泽、良渚文化，下至新民主主义革命时期的各类文物15000余件，其中以书画、陶瓷、玉器三大类为主。

无论从藏品的数量、等级均在全国同级博物馆中名列前茅，其中书画有155件被载入《中国古代书画目录》，良渚文化玉器、六朝青瓷以及部分明代官窑瓷器等文物连续几届入选“中国文物精品展”，并被编入目录。近年来国内出版的《美术全集》、《良渚玉器》、《四王画集》、《吴昌硕画集》、《中国天文文物图录》、《佛教初传南方之路文物图录》、《六朝艺术》等文物图集都收录有该馆的藏品。先后在南京、上海、西安、广州、中山、等城市举办馆藏文物精品展。荟萃馆藏精品的《常熟博物馆藏画集》、《常熟博物馆藏法书集》、《常熟博物馆藏印》、《常熟博物馆藏瓷》、《常熟博物馆藏玉》、《翁同和遗墨》、《林皋印谱》、《赵古泥印谱》等专辑相继出版发行。国家文物局课题项目、由中国文物研究所与常熟博物馆共同编辑的《新中国出土墓志.江苏常熟》卷于2006年底正式出版发行，该书收录了常熟博物馆和常熟碑刻博物馆收藏的各时期墓志323件套，对研究常熟的历史沿革、地域建制等提供了第一手的实物佐证。2005年常熟博物馆被国家文物局列为全国六所县级“博物馆展示、服务提升”项目试点单位之一，该项目的实施完成为常熟博物馆更好地展示常熟深厚的历史文化底蕴和丰富的馆藏，更好地为市民服务、为两个文明服务提供了更高的平台。常熟博物馆将在市委、市政府、文化局的领导下，为促进常熟文化的进一步繁荣与发展服务，努力推出具有地方特色的馆藏精品或各类单项藏品展，以密切与社会各界的联系和交往。面向社会，开门办馆，弘扬名城历史文化，促进国内、国际间友好合作和交流，扩大常熟知名度，将是常熟博物馆现在和将来责无旁贷的主要工作方针和任务。

观众可乘坐常熟109; 常熟109b; 常熟110; 常熟112; 常熟116路; 常熟125路; 常熟5路; 常熟7; 常熟8; 常熟9路  均可到达  距离火车站约11.2公里